あらすじ（引用：wikipedia）

ハートランドシティに住む13歳の少年九十九遊馬は、チャレンジし続ける精神「かっとビング」が口癖の不屈の闘志を持つデュエリスト。ふとしたことから学園一の不良、シャークこと神代凌牙と自分のデッキを賭けたデュエルをすることになるが、連戦連敗の遊馬は成す術もなく窮地に陥る。
そんなとき、以前から夢に出てきた扉の幻影が現れ「この扉を開く者には無限の力を与えるが、その代償に一番大切な物を失う」と不気味に語りかける。扉に大切にしていた首飾り皇の鍵を差し込むと無数の光が放たれ、遊馬の前に異世界からやってきた生命体・アストラルが現れ、彼の助言により遊馬はデュエルに勝利した。
優れたデュエリストであるアストラルだが、その記憶は遊馬の世界にやってくると同時に、99枚のナンバーズカードとなって離散してしまっていた。遊馬はさまざまなデュエリストとのデュエルを通し、図らずもアストラルの記憶の欠片、ナンバーズを集めることになる。