あらすじ（引用：wikipedia）

第3新東京市で父ゲンドウ・母ユイと一緒に暮らすシンジ。幼なじみのアスカと一緒に登校しては級友のトウジ・ケンスケにからかわれる日々。ある日、シンジは帰宅すると不思議な雰囲気を持つ少女「綾波レイ」と出会う。そして母ユイから親戚にあたるレイが同居することを告げられる。ユイとゲンドウの研究に敵対する謎の組織ゼーレとの対決やミサトが考案したシンジ達のハチャメチャな育成プログラム、そしてシンジを巡るアスカやレイの恋模様を描く。