あらすじ（引用：wikipedia）

はるか昔、この世界にフェアローレンという死神が現れ、世界を滅ぼそうとした。しかし神によって遣わされた07-GHOST (セブン・ゴースト) という死神たちによってそれは倒され、世界に平穏が訪れた。しかしフェアローレンの残滓は残り、人の心を闇に落とす使い魔 (コール) が人々を苦しめていた。
そして現在、物語に登場する国は、ラグス王国とバルスブルク帝国の2つである。この両国は古き時代から、ミカエルの瞳とラファエルの瞳によって守られ、不可侵条約を結び、平穏が続いていた。しかしラグス王国が教会のパンドラの箱を奪い、もう1つの瞳を得ようと結果条約を破り、帝国に攻め入った。だがラグス王国は逆に滅ぼされ、王族は残っていないとされ、国民は全て帝国の奴隷となっている。さらにはその戦争時にミカエルの瞳も消失してしまった。