あらすじ（引用：wikipedia）

文武両道・容姿端麗・質実剛健・才色兼備・有言実行…の完璧超人である箱庭学園の1年生、黒神めだか。彼女は入学したてでありながらも、生徒会長選挙で大言壮語を放った結果、98%の支持率を得て箱庭学園第98代生徒会長となる。
選挙戦での公約通り「目安箱」を設置し、その投書に書かれた案件を幼馴染の人吉善吉と共に解決していく。学園内で生徒たちのトラブルを解決していくにつれて次第に好評を博した目安箱は、いつしか「めだかボックス」と呼ばれるようになる。最初は2人だけだった生徒会も、案件を解決していくうちに、柔道界のプリンス阿久根高貴、競泳部の守銭奴喜界島もがなといった個性豊かなメンバーが揃う。
そんな中、箱庭学園理事長が秘密裏に推し進める「フラスコ計画」なる陰謀が発覚。「天才を人為的に生産する」という壮大な目的のもと、「十三組の十三人(サーティン・パーティ)」と呼ばれる異常(アブノーマル)の特待生達や、過負荷(マイナス)の転校生により形成されるクラス「-十三組(マイナスじゅうさんくみ)」、どのクラスにも所属しない「悪平等(ノットイコール)」が本格的に活動を始め、めだか率いる生徒会はその渦中に巻き込まれていく。