あらすじ（引用：wikipedia）

伝説のミラクルファンタジー、新章スタート!!
今度の「しゅごキャラ!」は潜入捜査!?
なりたいもう一人の自分である「しゅごキャラ」、そして、聖夜学園小のガーディアンたちと、こころのたまごを守ってきた、クール&スパイシーな女の子・日奈森あむ。
中学生になっても、みんなとの楽しい日々が続く…と思いきや、“アルカナ学園”にいきなり転校が決まって--!?
学園では生徒の「こころのたまご」に次々と×がついているとの噂が……。
原因究明のため、あむは、唯世と調査を開始することに!
さらに、あむには秘密の使命があって--?