あらすじ（引用：wikipedia）

21世紀中盤、人類の文明世界は大きな試練を迎えた。
発達した遺伝子技術は世界中で巨大な市場と莫大な利益を生み、研究が加速。やがて自らの欠点を他の遺伝子を取り込む事で補完する発展型成長遺伝子が発見され、人類は遂に「不老不死」の夢に肉薄した。しかし、研究機関がこの遺伝子の実験サンプルをバイオハザードした事で事態は急変。自然界から無制限に遺伝子を取り込み、人類の予想を遥かに超えて進化した「彼ら」は人類世界を侵略し始める。
「シャヘル」と名付けられた彼らは人類の武力を次々に撃破し、僅か2年で南北アメリカ大陸を制圧。文明誕生より1万年…。人類は初めて自らより強力な「種」と対峙していた。
-アメリカ合衆国が世界地図から消えたその年…-
日本政府は対シャヘルの為の特殊装備を有する日本「軍」を再編。ほぼ1世紀ぶりに海外派兵を前提とした兵力を保有する事となった。その要となったのが強化手術によって諸神経の高速化を図った兵士を、外骨格兵装に搭乗させる機甲歩兵部隊…通称「侍」部隊である。
侍を育成、運用する首相直属の統括局は「侍所」と呼ばれ、僅か数年で世界一級の兵士達を輩出。侍は各国のベースキャンプに派遣され、対シャヘルの戦闘において目覚しい戦果を上げた。
同時期。シャヘルに対抗すべく新生国際連合は太平洋上と大西洋上に人工島を築き、シャヘルの南北アメリカ大陸からの流出を封じる事に成功。しかしアメリカ大陸奪還は失敗し、多大な犠牲を払う事となった。
人類とシャヘルは大海を挟んで睨み合い、侵略と防衛を繰り返す長期戦に突入…。世界各国は莫大な資金を投じて軍備を強化し始める。
最早「暴力」を除いて、事態の解決を図れるものはなくなっていた…。