あらすじ（引用：wikipedia）

時は、西暦2015年。
15年前に南極で起こった大災害・セカンドインパクトにより総人口の1/2近くを失った人類は、使徒と呼称される新たな脅威に見舞われていた。
国連直属の非公開組織である特務機関NERV(ネルフ)は、襲来する使徒に対抗、殲滅するため、汎用人型決戦兵器 人造人間エヴァンゲリオン (EVA) を極秘に開発する。そのパイロットに選ばれたのは、14歳の少年・少女であった。
主人公である少年「碇シンジ」は、「幼少時のトラウマ」と「父親との疎遠な関係」から、他人と接触を好まない内向的な少年であるが、ネルフの総司令である父親ゲンドウによって、EVA初号機のパイロットとして突如選任される。シンジをはじめとする EVA のパイロットたちは、世界の命運を託され、命をかけて戦う過酷な状況に追い込まれ、傷ついていく。
セカンドインパクトの真相、襲来する使徒の正体、そして秘密裏に進められる「人類補完計画」の全貌。多くの謎が絡み合い、主人公であるシンジの挫折と成長を追いながら、物語は進んでいく。