あらすじ（引用：wikipedia）

ある日突然、月の7割が爆発して消え、三日月の状態となった。そして、その犯人と名乗る得体の知れない生物が椚ヶ丘中学校3年E組の担任として突然現れる。E組の生徒たちに課された使命は「来年3月に地球をも爆破するというこの生物を暗殺すること」だという。 最初は戸惑う生徒たちだったが、「成功報酬が100億」と聞いて殺る気を出す。その生物＝殺せんせー(ころせんせー)の存在とその目的を把握しているのは、日本をはじめ各国の首脳陣といったほんの一部の人間のみで、「殺せんせーの存在や殺せんせーの暗殺に携わっている事を、第三者へ絶対に口外してはならない。口外した場合は、記憶消去処理」「殺せんせーは、3年E組の生徒に危害を加えてはいけない。但し、その家族友人は対象外」というルールのもと、生徒たちは殺せんせーを様々な手段で暗殺しようと試みるが、いつも殺せんせーの素早く謎に満ちた行動で阻止され、逆に殺せんせーによる指導を受けることになってしまう。
果たして、E組の生徒たちは、E組の担任となった殺せんせーを暗殺することが出来るのか?