あらすじ（引用：wikipedia）

2001年。東京に住む中学生・水無葉は、幼少時の「記憶の空白」という深刻な問題を抱えていた。そのため自分の生を実感できず、自身がいじめられていても、それに抵抗する気力も持てない日々が続いていた。毎日のようにいじめられていた葉だったが、クラスメートの長月弥生に助けられる。葉を心配する弥生だったが、葉はいじめの巻き添えにしてしまうからと、それを拒絶する。弥生はそんな葉に、自分たち「普通の人間」とは違う「何か」を感じるのだった。
ある日、葉はナイフで腹部を刺された謎の男に出会う。弥生の手を借りて、男を自室に運び治療を施す。実は水無家は医者の家系であり、葉自身も幼い頃に、祖父から初歩的な医療処置技術を教わっていたのだ。葉は治療を施した責任感から、男に経緯の説明を求める。対して男は「R」と名乗り、事情を説明するが、話しすぎた情報を対価と見なして、葉に自らの仕事を手伝うよう迫る。
実はRは、ある目的を持って宇宙へ行くため、ロケットの部品を報酬として活動する、とある情報組織の超A級エージェントだった。この事件の後もRは葉たちを助手にして、様々な調査を行っていく。一方で、葉はRの依頼を達成すれば、自らの「空白」の手がかりを得られる、とRにそそのかされ彼に協力する。後にこの事実は、Rの所属する情報組織トゥルー・アイズ(True Eyes:真実の目)との敵対を招き、2人は拘束されることになる。
一旦は逃げ出した葉たちだったが、組織は巧妙な罠を操り、遂には葉とRに対し、互いの殺し合いを突き付ける。そして、Rは葉に銃を向けられた末、滝の底へと落ちていくのだった。その後、葉はRの目的を継ぐために、トゥルー・アイズのエージェントとなりRのロケットの製作を始めることになる。