あらすじ（引用：wikipedia）

高校2年生の関口伊万里は、同じ高校の沢村史郎に一目惚れするがふられてしまう。その後、沢村史郎は自主退学し行方をくらますが、沢村の恋人だった雨苗雪音が連続殺人事件を引き起こし、伊万里もその事件「オルゴール連続殺人事件」に巻き込まれることになる。殺された6人は中学3年生であり、全員が「ブレード・チルドレン」と呼ばれる、将来殺人鬼となる可能性のある特殊な境遇の少年少女だった。雨苗が現場にオルゴールを残したことにより、あっけなく彼女は逮捕される。だが、雨苗は動機を話そうとしなかった。
雨苗は、7歳の時に、姉妹のように育ったブレード・チルドレン「シャーロット」に両親を殺され、その時自身も重傷を負っていた。そして、雨苗は、13人のブレード・チルドレンの名簿『ミカナギファイル』を遺産として受け継いでいた。どこにあるかわからないそのファイルを手に入れるため、警視庁の刑事、鳴海清隆が介入する。彼は雨苗を一時的に解放するとともに、自身の協力者の浅月香介に、伊万里と協力して事件の真相を究明するように指示した。
雨苗の目的は9年前の事件を引き起こすきっかけを作ったシェフィールド博士に復讐することにあった。シェフィールド博士もまたブレードチルドレンによって引き起こされる災厄を未然に防ぐため、『ミカナギファイル』を手に入れようとしていた。そして、9年前、シェフィールドは雨苗夫妻からファイルを奪おうとしたが反撃にあって失敗し、雨苗夫妻と本物の雨苗雪音を殺してしまっていた。シャーロットによって引き起こされた殺人事件というのは実際には起こっていず、現在の雨苗雪音の正体は両親に逃されたシャーロットだった。『ミカナギファイル』は雨苗の記憶の中にしか存在せず、雨苗は彼を殺した後に自殺することで、復讐を果たそうとしていたのだった。
しかし、浅月香介の説得で雨苗は彼にミカナギファイルを託す。そして、自殺しようとするが、伊万里の呼びかけと夢の中の雪音の指示で生き返り、昏睡状態のまま入院する。