あらすじ（引用：wikipedia）

私立銀成学園高校の2年生・武藤カズキは、ある日の夜、廃工場で巨大な怪物に襲われていた少女を助けようとして命を落とす。しかし翌日彼は無傷で目を覚ます。
自分に起こった出来事を訝む彼の前に再び謎の怪物とともに謎の少女が現れた。カズキの新しい命「核鉄（かくがね）」、少女の謎の武器「武装錬金」、そして人食いの怪物「ホムンクルス」…。謎の少女、津村斗貴子の口から語られるその言葉に、持ち前の正義感を発揮させたカズキは錬金の戦士として戦うことを決意した。