あらすじ（引用：wikipedia）

一年戦争で散逸した情報や資料を、収集編纂し保存する組織であるFederation Survey Service 略称FSSに所属していたレッド・ウェイラインは、シミュレーションでのMS戦闘データ調査中に、撃墜したはずのゲルググが青く変色し「我々は・・・あなたの帰還を歓迎する・・・ジョニー・ライデン」との通信を受けるとともに撃墜される。シミュレーションを精査したが、データ中にその青いゲルググは存在しないものだった。不審に思ったレッドはチームのリミア・グリンウッドと共にジョニーのことを調べ始めるが、FSSやキマイラの謎に包まれていく。そんな折、レッドは陸戦高機動型ザクの性能調査中にゲリラの戦闘に巻き込まれ、そこで現実の青いゲルググを駆るユーマ・ライトニングに襲撃を受け追い詰められたが、操縦経験が薄いはずのジオン軍製のMSを窮地で巧みに操り撃退した。
この事件により、かつてジョニー・ライデンが所属していた「キマイラ」の残党から、レッド・ウェインラインはジョニー・ライデンである可能性が高いと判断され、様々な接触が図られていく。レッドがコアブースターのテスト飛行中にキマイラ残党のイングリッド0が操縦するギャプランに襲撃され撃墜したが結果として共に環境改善プラントに墜落してしまう。ジョニーであるとレッドとイングリッド0を確保しようとする勢力がプラント上で戦闘を繰り広げる中、レッドと遭遇したイングリッド0は共に戦闘を終結するために行動するうちに、レッドがジョニー・ライデンであるとの認識を強めていく。イングリッド0は「ジャブローへ」と言い残して雇い主ゴップの元へと帰っていき、戦闘を止めたレッドは戦闘で撃墜されたユーマを回収することになる。
様々な勢力が絡み合う中、キマイラの残党であるジャコビアス・ノードは、レッドとリミアにキマイラがカウンターニュータイプ組織として作られたことを話し、解体された今は既に探るようなものは何も無いと告げて手を引くことを求める。しかし連邦もネオジオンもキマイラも、キマイラの運用を可能にしたMS開発システムと機材、情報を求めて「ミナレット」とザビ家の遺産、そしてその鍵となるジョニー・ライデンを求めて互いに動きを見せていくことになる。