あらすじ（引用：wikipedia）

巴マミは見滝原で魔法少女として一人で魔女退治をしていたが、ある日隣町の風見野から魔法少女になったばかりの佐倉杏子がやってくる。杏子はマミに弟子にして欲しいと頼み、二人はコンビを組んで行動するようになる。しかし、杏子が魔法少女であることが父親に知られ、それが発端となって家庭は崩壊、自身も特有の能力である幻惑魔法が使えなくなる。そして考え方を変えた杏子はマミと対立、戦いの末マミの元から離れていった。
それからしばらくしたある日。マミは鹿目まどかに呼び出され、美樹さやかと杏子の争いに割って入った。お菓子の魔女との戦いで危機に陥っていたマミを、契約したばかりのさやかが救っていたのである。マミはさやか、そしてまどかと共に行動するようになり、見滝原に戻ってきた杏子は1人で行動をとりつつ、暁美ほむらとワルプルギスの夜を倒すため結託しようとする。そうした中、親友の志筑仁美が魔女に魅入られていたのを知っていたさやかは、その魔女との戦いでマミが苦戦した事は自分が原因であると自分を責めるようになりマミとはコンビを解消、さらに上条恭介の腕を治したのがさやかの願いであると本人に知られ苦悩する。
そして苦悩の末にさやかは魔女と化し、マミはさやかを救えなかったと自分を責め、苦悩するようになる。そして自ら覚悟を決めて魔女に戦いを挑もうとするが、そこで杏子と対峙し、激突することとなる。