あらすじ（引用：wikipedia）

前作の主人公・円堂守ら率いる日本代表選手「イナズマジャパン」がFFI(フットボール・フロンティア・インターナショナル)世界大会で優勝してから10年後。日本ではサッカーの地位が著しく向上し、中でもイナズマジャパンの中核たる存在「イナズマイレブン」メンバーを数多く輩出した雷門中は、サッカーの名門校として確固たる地位を築き上げた。
サッカーが大好きな少年・松風天馬はそんなイナズマイレブンに憧れ、雷門中学校に入学。さっそくサッカー部に入部しようと意気揚々でグラウンドに向かう。しかし、そこには一人の少年相手に部員たちがボロボロに打ちのめされていた。剣城京介と名乗る少年は、今や全国のサッカーを管理・支配する組織「フィフスセクター」から送り込まれたシード(精鋭選手)だった。