あらすじ（引用：wikipedia）

西暦2012年、リン・ミンメイは宇宙へと飛び立った。
その3年前の2009年、全長1200メートルに及ぶ巨大な宇宙戦艦「マクロス」の進宙式の記念式典に行われる予定だったミス・マクロスコンテストに地元の中華料理屋の看板娘だったリン・ミンメイも参加する予定だった。
1999年に地球に落下し、後に「マクロス」と名づけられるその物体は、未知のテクノロジーと宇宙を舞台にした戦争があることを物語っていた。地球人類はこの物体の解析をしつつ、「地球統合政府」の成立を急いだ。統合政府樹立のための統合戦争は10年にも及んだが、ようやくそれも終わり、マクロスは修復され、宇宙へと飛び立とうとしていた。
そんな中行われた可変戦闘機バルキリーのアクロバット飛行中に一機のプロペラ機が入り込む。彼こそは大会で7回の優勝経験を持つエアレーサー一条輝であった。統合軍の少佐となった先輩のロイ・フォッカーとの再会を懐かしむ輝であったが、この時地球にマクロスを追って異星人の艦隊が接近していることを知る由もなかった。
異星人の艦隊は地球統合宇宙軍の防衛ラインをやすやすと破り、衛星軌道上からマクロスへと攻撃を開始する。成り行きから輝はVF-1Dバルキリーへ乗り、この戦いに巻き込まれてゆく。