あらすじ（引用：wikipedia）

アテナこと城戸沙織が「銀河戦争」の開催を皮切りに聖域に蔓延る悪を白日の元に晒そうと自らの戦いを覚悟して以降、争乱の気配を感じ取った邪悪な女神エリスが彗星レパルスに導かれ再び地球に襲来し、流血と混乱をもたらそうとしている。聖域でアテナを補佐するはずの教皇もまた敵となり、沙織を偽者と断じ、聖闘士達に討伐を命じた。
沙織を脅かす野望を砕くため、アテナの侍女である聖闘少女達は激闘を繰り広げていく。