あらすじ（引用：wikipedia）

かつて世界の危機を救ってきたゼロゼロナンバーサイボーグたち9人は、故郷へと帰りそれぞれの人生を送っていた。しかし、2013年の各国で超高層ビルへの爆破テロ事件が連鎖的に発生し、アイザック・ギルモア博士から招集がかかる。その頃、009こと島村ジョーはその記憶をリセットされ、東京で高校生として暮らしていた。