あらすじ（引用：wikipedia）

東京都の西側3分の1の規模、総人口230万人の内8割を学生が占める「学園都市」。その学園都市でも7人しかいない「超能力者(レベル5)」の一人であり、学園都市最強の超能力者「一方通行(アクセラレータ)」は「打ち止め(ラストオーダー)」を救った代償として脳に損傷を負い入院生活を余儀なくさせられていた。ある夜、一方通行は病院に侵入した魔術師の少女・「エステル・ローゼンタール」と彼女を狙う武装した「警備員(アンチスキル)」で構成された謎の組織「DA」と遭遇し圧倒的な強さで「DA」を撃退する。一方通行はエステルから「DA」が何らかの計画に「打ち止め」をはじめとする「妹達」を利用しようとしていることを知る。やがて、「DA」を中心とした騒動は複数の暗部組織が絡んだ事態に発展していく。