あらすじ（引用：wikipedia）

主人公であるミドリマキバオーが、北海道勇払郡鵡川町のみどり牧場に生まれるところから始まる。母のミドリコが堀江牧場（通称・ひげ牧場）に売られてしまったため、マキバオーは母親に会うべく、生まれどころのみどり牧場から脱出。森の中で親分肌のねずみ、チュウ兵衛と出会うことによって、さまざまな困難を乗り切り、母親と会う。その後、カスケードらライバルとの競走によって、ミドリマキバオーは成長していくのである。
ちなみにみどりのマキバオーの世界では人間と動物が普通に話し合える世界となっている（ただし物語序盤ではそのような設定はなかった）。