あらすじ（引用：wikipedia）

7年前(新暦74年)の「ヴァイゼン遺跡鉱山崩壊事故」で全てを失い、スバル・ナカジマによって孤独から救われた少年「トーマ・アヴェニール」。彼は、忌わしい過去に踏ん切りを付け新しい生活を送るための儀式として、世界を巡る一人旅に出ていた。その途中、第23管理世界「ルヴェラ」に立ち寄った事で、トーマの運命は急速に動き出す。この地で出会った2人の少女、「リリィ・シュトロゼック」と「アイシス・イーグレット」。そして、「事故」の手掛かりを握る凶悪犯罪者集団「フッケバイン一家」。これらの出会いを切っ掛けに、ベルカ戦乱時代の負の遺産「エクリプス」を巡る戦いに巻き込まれたトーマは、否応無く後戻りできない道へと追い込まれていく。
一方、時空管理局でも「エクリプス」に対する包囲網が出来上がりつつあった。対応部隊「特務六課」の設立と、それに伴う元機動六課メンバーの再召集。次元世界を揺るがす新たな大事件の幕が上がる。