あらすじ（引用：wikipedia）

キュゥべえと契約し魔法少女となった美国織莉子は、自らの魔法の力で自分の運命を見聞きした結果、未来の見滝原の破壊と、そこに誕生する「誰にも倒せない」絶対的な存在を知る。その未来を変えることを決意した織莉子は、1人の少女に着目し、キュゥべえに「とてもいい魔法少女の素体がいる」と告げる。
一方、見滝原にやってきて魔女を倒した杏子は、両親が魔女に殺された少女、千歳ゆまと出会う。孤児になったゆまは杏子になつき、杏子もゆまをかつて亡くなった自分の妹に重ねて見るようになる。
そうした中、見滝原では魔法少女が魔法少女によって殺される「魔法少女狩り」が横行していた。この事件に杏子とゆま、見滝原を守るために戦うマミ、まどかが魔法少女にならないよう寄り添うほむら、彼女たちが巻き込まれることになる。